Sobre los momentos previos al accidente que causó la muerte al Dr. José Gregorio Hernández, existen dos versiones que han sido recogidas en diversos textos.

Una indica que compró medicinas que eran para un niño que había sufrido contusiones al caerse en su casa, desde una ventana.
La otra indica que eran para una anciana.
José Gregorio salió rápidamente de la botica con los medicamentos y se dispuso a cruzar la calle por delante de un tranvía, que dicen, estaba estacionado. En ese momento se desplazaba uno de los pocos carros que circulaban para la época en Caracas. Se estima que en número no llegarían a 500.
No advirtió el carro en ese momento, un Hudson Essex, cuyas unidades pesaban más de una tonelada. El vehículo le embistió de lado con el guardafangos, haciéndole perder el equilibrio y lanzándolo contra un poste. Al caer, José Gregorio se golpeó en la nuca con el borde de la acera.
Una jaculatoria le brotó espontánea en esos momentos: “¡Virgen Santísima!”.
El golpe le causó fractura de la base del cráneo y le pro vocó la muerte instantánea. No hubo agonía ni sufrimiento. Dios le había llamado a su lado de una manera rápida e inesperada.
Del conductor o chofer, de nombre Fernando Bustamante, se dice que salió desolado del carro al notar la gravedad de lo ocurrido.
Prestó auxilio a José Gregorio levantando su cuerpo ayudado por un carpintero identificado como Vicente Romana, vecino del lugar. Lo subieron al auto y lo trasladó al hospital José María Vargas.

El carpintero, durante el trayecto, leyó un libro de oraciones. El sacerdote Tomás García Pompa le impartió la absolución y administró los santos óleos, luego de hacerlo colocar en una habitación junto a la entrada del centro hospitalario.
Unos estudiantes de Medicina salieron con el chofer Bustamante inmediatamente para buscar al doctor Luis Razetti, quien fue el primer médico que le revisó.
Según cuentan, la impresión de Razetti, quien fue adversario de José Gregorio en la parte intelectual, amigo y admirador, fue fortísima.
Un pasajero del tranvía, que había presenciado el suceso, avisó a María Isolina que su hermano había sido atropellado y que estaba en el hospital Vargas.
Otros fueron a avisar a su hermano César Benigno y a la cuñada Dolores. César y su hijo Ernesto corrieron al hospital y, al llegar, les informaron que José Gregorio había muerto.
César lloraba desconsolado, besaba el rostro muerto de su hermano. Luego le cerró los párpados y le cruzó los brazos sobre el pecho.
Habla el chofer y testigos
De acuerdo con el testimonio del chofer, de los testigos y los datos que se leen en el expediente guardado en los depósitos del Poder Judicial, en la esquina de Cruz Verde, José Gregorio Hernández,
cerca de las 2:15 pm del 29 de junio de 1919, dio su último paso frente a la botica de Amadores, entre las esquinas de Amadores y Urapal, parroquia La Pastora.
Por la misma calle subía Bustamante conduciendo un vehículo modelo 1918. Había recibido su título de conductor 13 días antes del accidente y ese intentó rebasar por la izquierda al tranvía número 27, detrás del cual venía manejando.
Entonces, observó a una persona. El peatón trató de echarse para atrás, pero fue golpeado por el automóvil. El hombre perdió el equilibrio.
La señorita Angelina Páez, biznieta del prócer de la Independencia y ex presidente de la República, el General en Jefe José Antonio Páez, aseguró que lo escuchó gritar: “Virgen Santísima”, antes de que se golpeara la cabeza.
Casi de inmediato, los testigos lo identificaron. Inconsciente yacía en el suelo y salía sangre de su boca, nariz, oídos y ojos.
El mismo Razetti verificó la muerte: “Tenía fractura en la base del cráneo. Presentaba también una pequeña herida y un hematoma en la sien derecha, edemas bajo los párpados, y en ambas piernas, más arriba de las rodillas, una franja amoratada”.
Al trascender la noticia, el pueblo caraqueño exclamó espontáneamente: ¡Ha muerto un santo!
En el juicio, el conductor Fernando Bustamante, aseguró lamentar la muerte “del sabio y santo doctor”, a quien pedía por su salud cada vez que enfermaba.
El Ministerio de Instrucción Pública dispuso que el féretro fuera llevado al paraninfo de la Universidad para ser despedido por los estudiantes de medicina.
Así se hizo a partir de las diez de la mañana, y el traslado desde Tienda Honda hasta San Francisco se convirtió en una manifestación popular de dolor y religiosidad.
Se rezaba en voz alta, muchos llevaban flores, todos querían acompañar al difunto hasta el cementerio, aunque hubiera que esperar mucho tiempo para trasladarlo.
Más de un millar de coronas fueron llegando al paraninfo, con flores de todos los jardines y de las faldas del Ávila. El gobierno se hizo presente en la persona del presidente Victorino Márquez Bustillos, del Ministro de Instrucción Pública, Rafael González Rincones, y del Secretario de Gobierno, Elías Rodríguez.
Desde el paraninfo, el féretro salió a la calle, acompañado por toda la ciudad de Caracas. Cerraba la comitiva la Banda Marcial, dirigida por el maestro Pedro Elías Gutiérrez, tocando las marchas fúnebres, en dirección a la catedral.
El arzobispo había dispuesto que el cadáver fuera conducido a la Catedral para recibir un homenaje eclesiástico, algo insólito, puesto que ningún personaje de la vida pública venezolana, y menos un seglar, había recibido hasta entonces un tributo semejante.
Todo el capítulo de altos dignatarios eclesiásticos, el decano, monseñor Nicolás Eugenio Navarro, que había conocido a José Gregorio en el Seminario Metropolitano, y todo el clero secular y regular, estuvieron presentes en los actos religiosos, que consistieron en el rezo cantado del oficio de difuntos y en la bendición general.
Al salir del templo, esperaba la carroza fúnebre. La muchedumbre no cabía en la calle, se apretujaba para estar lo más cerca del difunto más querido que tuvo la ciudad.
Cuando fueron a introducir el féretro en la carroza, una voz se alzó de entre los presentes, que inmediatamente fue coreada por los circunstantes:
– “El doctor Hernández es nuestro! ¡El doctor
Hernández es nuestro! ¡El doctor Hernández no va en carro al cementerio!”
